実際、近年、廃棄されている食材は、年間900万tに及び、食料自給率の計算の分母となる供給カロリーは2573kcal（2005年）であるが、日本人が一日に摂取する平均カロリーは1805kcalであり、それ以外の768kcalは食べられることなく廃棄されている。分母を摂取カロリーとして食料自給率を「国民1人1日当たりの国産供給カロリー（1013kcal）÷国民1人1日当たりの供給カロリー」として計算しなおすと日本の食料自給率は56％であり、果たして日本の食料自給率が国際的に本当に低いのか疑問が残る。
経済学者 の野口悠紀雄 は、食料自給率の向上と言う政策は経済学的には無意味である上、そもそも現代日本農業 では原油 が絶対的に必要であり、エネルギー 自給率が４％しかないのに、カロリーベースの自給率に政策的な意味など持ち得ないとする。そしてこの政策は高い関税率を正当化するための詭弁であり、それにまんまと乗せられている人は、「誠に愚か」と酷評している。
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食料の安定供給と食料自給率との関係にも疑問が提示されている。たとえば2008年度中に食糧暴動のあった国と、穀物自給率（カロリーベースの食料自給率は農水省が自己の政策に都合のいい結果が出る国についてしか算出していない）との関係はほぼ無関係である。また日本の歴史においては飢饉にもっとも弱いのは、天候不順に直撃された自給性の強い農村であり、都市部や、農村部でも商品作物に依存する村では、金を持っているので食料には困らないという研究がある。現代にあっても飢饉にさらされるのは主として農民であって、より広い地域からの食糧調達が可能な都市民はそれほどでもない。この論によれば食料自給率を高めるのは食料の安定供給にはむしろ逆効果であるという結論が得られる。